Каменная Крестовоздвиженская церковь заложена в 1754 г. взамен деревянного храма на искусственном холме, сооруженном купцами Медведевыми для собственного дома и пожертвованном для храма. Нижний теплый храм был освящен в честь Покрова Богородицы в 1761 г., летний – в 1771 г. в честь Воздвижения Креста Господня. К 1799 г. было закончено украшение интерьера храма декоративной лепниной. Лепное убранство храма не имеет себе равных не только в Тобольске, но и во всей Сибири. По качеству исполнения оно близко к лучшим образцам столичных декораторов-лепщиков середины XVIII в.

Главная архитектурная специфика здания создана барочной пластикой завершения храма и колокольни. Впервые в тобольском зодчестве колокольня по своей высоте и силуэту стала доминирующим мотивом, монолитный башнеобразный столп ее придал особо торжественный характер всей композиции.

Расположенная в отдалении от центра, за речкой Абрамовкой, почти у самого берега Иртыша, церковь эффектно организует большой равнинный ландшафт и хорошо просматривается с реки, организуя вместе с Захарьевской церковью парадный силуэт нижнего города.

В настоящее время здание церкви законсервировано и ждет реставрации.