Знаменский монастырь – самый древний в Западной Сибири. Он был основан в 1596 году и находился первоначально за Иртышом, близ устья Тобола. В 1610 году монастырь был переведен на верхний посад Тобольска, а в 1623 году по воле архиепископа Киприана занял свое современное положение в подгорной части.

С 1770 года монастырь стал постепенно превращаться в главный культовый учебный центр Сибири. Сюда с Софийского двора была переведена славяно-латинская школа, преобразованная в семинарию.

Здание семинарии самое значительное сооружение во всем комплексе занимает юго-западный угол монастыря. Существующее каменное здание возникло в 1870 г. в результате объединения в один сплошной блок ранее выстроенных в начале XIX века семинарских корпусов и столовой. Единственным украшением фасадов служат лаконичные карнизные тяги, простые сандрики над окнами и рустовка первого этажа.

С тобольской семинарией связаны имена многих выдающихся деятелей: ее преподавателями были один из основателей русской синологии Н.Я. Бичурин и декабрист Ф.Б. Вольф; выпускниками: сибирский историк П.А. Словцов, художник и краевед М.С. Знаменский.

С северной стороны монастырь ограничивает масштабное здание Братско-настоятельского корпуса с Казанской церковью. Его возведение началось в 1730 г. с Казанско-Никольской церкви, при которой вскоре начал строиться братский корпус с больницей и кельями (1734-1741 гг.). Всеми работами руководил известный мастер Корнилий Переволока. К 1768 г. церковь была закончена в одной связи с колокольней. В том же году братский корпус продолжили пристройкой кухни, а в 1784 г. над ней был возведен второй этаж для покоев настоятеля архимандрита Илии. Здание пострадало в пожаре 1788 г., было отремонтировано по смете губернского архитектора А. Гучева, утратив колокольню Казанской церкви. В XIX в. по южному внутреннему фасаду настоятельского корпуса на уровне второго этажа была построена деревянная галерея почти по все длине фасада.

Преображенский собор Знаменского монастыря возведен в 1900-1905 гг. на месте древней каменной Спасо-Преображенской церкви, выстроенной в 1685-1691 гг. по образцу Софийско-Успенского собора. Проект нового храма, который в память о старом предшественнике предполагалось сделать его уменьшенной копией, выполнил епархиальный архитектор Б.Б. Цинке.

В настоящее время монастырь ждет реставрации.