Мечеть является объектом культурного наследия конца XIX — начала ХХ вв. Каменное здание с минаретом, построенное в 1890 году на средства-пожертвования мусульман Тобольской губернии, на месте старой деревянной мечети. Сооружение имеет трехчастною структуру: помещение молельни, минарет и связующее их звено. Восьмигранный островерхий минарет состоит из трех ярусов. На уровне второго яруса он опоясан балконом с ажурной решеткой. Молельня завершена невысоким барабаном и пологим куполом. Декор здания выполнен в виде зубцов и «сухариков». В 1988 году здание бывшей мечети было передано мусульманской общине г. Тобольска. В 1990 году мечеть восстановлена силами прихожан.

В 1997 году съезд мусульман Сибири постановил считать Тобольск Духовным центром мусульманства. С 1998 г. здесь находится Духовное Управление мусульман Азиатской части России (ДУМАЧР).

18 марта 2011 года Мечеть вновь открыта после её капитального ремонта и реставрации. В настоящее время здание используется по своему прямому назначению.