В 1646 году в казачьей слободе конными казаками был возведен деревянный храм в честь св. апостола Андрея Первозванного. Ходатаями и строителями первого деревянного храма были тобольские казаки. Среди них – казак Тимофей Сыромятников, прибывший в Тобольск еще с дружиной Д. Чулкова.

В 1749 году этот храм был перестроен уже каменным на средства тобольского купца Авраама Леонтьевича Сумкина. В 1818 году возвели каменную ограду. Окончательный вид храм приобрел в 1806 году, когда старая колокольня была заменена новой, меньших размеров.

Андреевский храм представляет из себя очень редкий тип «трапезной церкви», кроме того, отличительной его особенностью является двухпрестольный алтарь – в честь св. апостола Андрея и мученика Иоанна Воина, вследствие чего композиция двухапсидного алтаря ассиметрична. Кроме указанных двух престолов в церкви имеется придел в честь преподобного Авраамия Затворника. Храм как бы делится на холодный (собственно храм) и теплый (трапезная с приделом преп. Авраамия).

В 2013 г. после реставрации храм был освящен митрополитом Тобольским и Тюменским Димитрием.

В мемориальном отношении храм Андрея Первозванного интересен тем, что 10 февраля 1854 г. в нем венчались знаменитый автор сказки «Конек-Горбунок», инспектор Тобольской губернской гимназии П.П. Ершов и дочь генерал-майора Н.Л. Черкасова – Е.Н. Черкасова. Посаженным отцом на их свадьбе был декабрист В.И. Штейнгель.